南京医科大学康达学院体育部成立于2013年9月，前期名为体育教研室，于2014年6月正式更名为体育部，目前下设综合办公室、第一教研室、第二教研室、群体竞赛中心、大学生体质测试中心和体育场馆中心，主要承担学校公共体育课教学、课外群体竞赛和阳光体育活动的开展、运动队训练、学生体质健康测试与管理、体育科研等工作。

自2013年学院迁址连云港以来，学部与南京医科大学体育部开展合作共建，在教育教学、体质测试、运动竞赛、师资力量等方面深化合作。学部自成立以来，在南京医科大学的协助和指导下，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，坚持社会主义办学方向，以立德树人为根本，以社会主义核心价值观为引领，以服务学生全面发展、增强综合素质为目标，坚持健康第一的教育理念，推动学生文化学习和体育锻炼协调发展，帮助学生在体育锻炼中享受乐趣、增强体质、健全人格、锤炼意志，培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。体育部全体教职工坚持“以人为本、健康第一、服务师生”的宗旨，以创新求发展、深化体育教育改革，整合资源，走内涵发展道路，形成南京医科大学康达学院体育工作特色，不断开创南京医科大学康达学院体育工作新局面。